Первые 4 точки «Магнит Аптека» открылись в Краснодаре в 2017 году, в течение следующего года сеть выросла до 51 пункта.

На II квартал 2019 года сеть «Магнит» насчитывала 294 магазина этого формата. В аптеках представлен ассортимент из более чем 3500 тысяч товаров — фармацевтической продукции, косметики, детского питания, средств гигиены, медицинских изделий.

В начале октября 2019 года гендиректор проекта «Магнит Фарма» Сергей Перминов заявил, что сеть открыла всего 800 точек, до конца 2019 года планируется открытие 1200 точек, при этом, Перминов признал, что компания слегка отстаёт от запланированного количества открытых точек.